经过马丁路德在德国、加尔文在瑞士以及英国王室在英格兰这三地的初步改革，改教已经成了各方面的共识。接下来，改教风潮在欧洲继续蔓延，最终席卷整个教会。

深化改革的首先是德国的基督新教。虽然德国的宗教改革获得很多王侯支持，但神圣罗马帝国皇帝始终想要压制这个改革的势头。之前因土耳其军队的威胁，皇帝不得不采取容忍的政策，但当外部威胁消退之后，他仍旧决定以武力来解决他视为异端的路德。支持改教的王侯因此组成一个军事同盟，不单是要维护自己的信仰立场，也想借此抗拒皇帝对德国的干涉。最后战争爆发了，皇帝打败了改教王侯的联盟，甚至攻陷了改教的大本营威登堡。不过，此时宗教改革已经深入人心，再加上德国人不满西班牙军队占领德国，抗拒神圣罗马帝国皇帝的气氛日渐增加；皇帝虽然军事上得胜了，但在宗教事务上却没有任何进展。1555年，神圣罗马帝国皇帝同意撤兵，并与当地王侯签订《奥斯堡合约》，正式承认德国改教教会拥有合法地位。从此，德国教会可以名正言顺地在原先基础上进行发展，路德在德国教会的改革努力终于成功了。

在马丁路德的带领下，德国教会自改革始，就放弃使用罗马大公教会这一名称。因为路德所争取的，是按照圣经教导福音真理“因信称义”，所以德国源流的改教教会大都自称为“信义宗”教会。从路德1517年提出改革诉求开始，直至1555年，源自德国的信义宗才摆脱了罗马教廷的辖制，历时近四十年。

瑞士的改教运动在教义上跟德国的改教并无太大区别，但为了方便识别，瑞士教会强调自己是“改革过来的教会”，这就是今天“改革宗”名称的由来。因此，所谓“改革宗”，就是瑞士源流的宗教改革运动。

源自德国和瑞士的改革运动也影响了神圣罗马帝国版图之内的荷兰地区，包括今天的荷兰和比利时。一方面，当时荷兰地区的人们要求皇帝批准他们按着自己的良心来处理自己的宗教生活，也就是说他们要有进行教会改革的自由；另一方面，这些想要改革的荷兰人认为，自己的宗教取向跟皇帝并不一致，因此应该从神圣罗马帝国里独立出来。就这样，荷兰爆发了独立运动。不过也像当时欧洲其它很多地区一样，荷兰地区同时也出现了两派人，一派赞成改革，另一派反对改革。渐渐地，荷兰地区就形成了南部和北部两个不同取向的区域；南部地区大多数支持皇帝和罗马教廷，北部则以改革派为主，坚决追求独立。对立演变为军事冲突，终于一分为二。北部地区取得独立，建立了今天的荷兰；信仰上跟随瑞士的教会体制，建立了有名的荷兰改革宗教会。南部地区也独立建国，改称比利时，在信仰上维持旧日的大公教会体制，继续效忠罗马教廷。

在教会扩展层面，荷兰曾经扮演了非常重要的角色。因为在接下来的十七世纪，荷兰的航海技术取得了很大进步，在海外建立了许多殖民地，使基督信仰从荷兰输出到世界各地。

除了荷兰，源自瑞士的改革宗教会也在苏格兰取得了可观的发展，其中一个重要因素是当时的苏格兰出了一位出众的领袖，约翰诺斯。在推动改教初期，约翰诺斯就像当年许多改教领袖一样，遭遇了强大反对及迫害；他不得不逃亡到欧洲大陆，流亡到了日内瓦。流亡期间，约翰诺斯从加尔文那里学到了建立教会的理论和实践方法。当时，苏格兰就跟荷兰一样，因改教议题而爆发了内战，约翰诺斯就在这时带领一批改革者回到苏格兰推动宗教改革。内战结束后，苏格兰政府采取了支持改教的立场，约翰诺斯的主张因此得以在苏格兰地区推广开来。

加尔文的改教只影响了日内瓦一个城市，但约翰诺斯却将加尔文的理想在整个苏格兰地区实践出来，使得改革宗的教会体制发扬光大，而著名的苏格兰长老会就是这样建立起来的。后来，苏格兰和英格兰合并建立了庞大的大英帝国，苏格兰教会的制度和特征也就随之延伸到世界许多地区。从这个角度讲，苏格兰和荷兰一样，在教会扩展方面发挥了关键作用。

宗教改革的浪潮和诉求逐步蔓延到整个欧洲，进而也影响了罗马教廷的内部改革。事实上，改革罗马教廷的呼声从中古后期就一再涌现。马丁路德本人就是罗马大公教会的一份子，他起初也是在教会内部提出改革诉求的，并没有想要脱离罗马，最后是被罗马教廷指控为异端，然后驱逐出去的。除了马丁路德，罗马教会中还有许多追求改革的有心人士。这些人仍然留在大公教会的体制内，却在各自的影响范围中努力推行改革理想。尤其是在一些修道院里面，敬虔精神仍然颇具影响。当基督新教的改教运动稳定成长，罗马教会内部的这些改革者也深受鼓舞，更加积极地推动内部改革。

改革力量当中，有一个名为“圣爱会”的组织发挥了非常重要的影响力。“圣爱会”的成员们认为，改革需要从罗马教会内部开始，他们虽然也同情路德的改革诉求，却不想用这样激烈的方式来推动改革。因此，他们一方面拒绝当时教会流行的腐败行径，更愿意到民间去帮助有需要的人，推动敬虔生活；同时，随着基督新教的改教运动越来越成功，这些内部改革人士对改教者的态度也越来越强硬。

圣爱会的人后来组成了“台亚特修会”，锐意推动罗马教会内部改革。还有另一个名为“耶稣会”的修会也成立了起来，推动改革。这些新兴的修会影响带动其它一些历史悠久的修会进行改革，罗马教廷也不得不认真看待这股内部的改革力量。

1555年，台亚特修会创办人加拉法成为罗马教宗，大公教会的内部改革就此自上而下有效地推行开来了。圣职买卖这一类的弊端逐渐从罗马教会里消失，大公教会开始向着健康的方向发展。到了十六世纪末十七世纪初，罗马大公教会终于重建威望。

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1517年开始的宗教改革，经过一代又一代人持续的努力，到了十六世纪末年，终于扭转了中古晚期教会的歪风。基督新教的改革已经稳固地建立了起来，而罗马大公教会（即今日天主教）的内部改革也取得了明显进展。遗憾的是，教义取向的不同，使得罗马教廷和改教者之间的矛盾分歧日益加深，双方和解的希望不复存在。这是改教开始时大家都没有料到的。事实上，改教者所期盼的是一个合一的教会。至少在当时来说，这个期盼是落空了。