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约翰福音3:1-2节的经文告诉我们，耶稣在耶路撒冷的职事，引起了不少人的反应，这其中包括了一个名叫尼哥德慕的人。从圣经中，我们了解到尼哥德慕是一个法利赛人，他也是犹太人的官，他是犹太人一个主要宗教委员会，即公会的成员。这犹太公会有权管辖犹太人所有的宗教事宜，相当于犹太人的高等法院。可见尼哥德慕是一个十分有地位的人。他夜访耶稣，是因为耶稣所行的神迹。因为神迹才相信的人，与耶稣是有一段距离的。但无论如何这是一个起点。基于事物表面果效才相信的人，必须突破“属地”的框架，才能进入信心的旅程。
圣经没有解释为什么尼哥德慕要在夜里来见耶稣，但敏感的读者会看到从序言开始，“黑暗”和“光”就一直是约翰叙事的重要主题。尼哥德慕在“夜里”请教耶稣，除了作为时间的指标，更重要的是背后的象征意义。尽管尼哥德慕是个犹太人的官，是个熟悉律法和信仰传统的法利赛人，可是他所身处的，和他所代表的“世界”却是黑暗的。所以，从积极的观点来看，尼哥德慕在“夜里”来见耶稣，是离开黑暗进入光明的第一步，这当中所代表的，不单只是个人的寻索，也是个人在两个世界、两种权势间的徘徊与挣扎。
现在让我们来看3-7节的经文。作为一个法利赛人，尼哥德慕相信人只要谨慎地遵守犹太律法和古人的遗传，便能得到救恩。也就是说，尼哥德慕像所有犹太人一样，相信救恩的获得是由于人有遵守律法的好行为。耶稣知道尼哥德慕是诚心来寻求真理的，所以，祂立即告诉了尼哥德慕想知道的真理：那就是，人只有藉着“重生”才能进入天国。耶稣说：“人若不重生，就不能见神的国。”
那么，人怎样才能重生呢？人的肉体是不可能回到母腹中再重新生出来一次的。这里的“重生”指的是属灵生命的重生，“重生”既有“从上而生”的意思，也有“再生一次”的意思。从约翰的角度看，人要得见神的国，成为神的子民，唯一的途径就是“从上而生”。“重生”将使人获得一颗新的心，换一个新的本质。
可是，人又怎样才能得到一个新的心，换一个新的本质呢？三章4节和9节的经文显示，这个道理对尼哥德慕来说，实在有点难以捉摸。不过，尼哥德慕的不解与困惑，却为耶稣进一步的启迪作了预备。耶稣进一步解释说：要进入神的国，人就必须从“水”和“圣灵”而生。水是洁净和洗礼的记号。洗礼象征把我们的罪洗去。人的罪要得到洗净，人必须先悔改。藉着水礼，神接受我们悔改的心，洗清我们的罪。然后我们便可以经历灵里的重生。
一个人悔改相信基督的时候，圣灵便进入那人的心，赐给人一个新的属灵的生命。这样，人便是由灵重生了。这个新的属灵生命才是一个真正的生命、永恒的生命、是在神国度里的生命。人不从妇人而生，就没有肉身的生命，同样地，人不从神而生，也就不可能有属灵的生命。只有当我们由灵而重生，我们的生命才能被神接纳。只有透过圣灵在我们生命里的力量，我们才能遵从神的命令，过一个蒙神喜悦的生活。因此，“从水和圣灵生”是我们“重生”的方法，而“重生”的表现则是：第一，有罪得赦免的平安和喜乐；第二，对罪的敏感度提高，很容易察觉自己的罪；第三，渴慕认识神及属灵的事物。
第8节的经文，提到了“风”以及“风”的特性，这是耶稣用自然界的现象作例子，来向人解释属灵的道理。耶稣提醒尼哥德慕，风随着意思吹，人虽然听见风的声音，却不晓得它从哪里来，往哪里去。人的新生就如风一样。首先，新生完全按照神的旨意发生，并不是人所能控制的。第二，新生是看不见的，人不能看见新生的过程，却能在人生命的转变中见其成果。一个人得救以后，生命就有了改变。以往可能喜爱的恶事，今日却成为厌恶之事；昔日瞧不起的东西，今日却钟爱有加。没有人能完全明白风，也没有人能完全了解神的灵奇妙的工作，这个工作能使人有新生。从经文中，我们看到对于耶稣的话，尼哥德慕一时仍不能完全明白，虽然作为犹太人的教师，尼哥德慕熟读不少经典，但他这时却不能完全明白耶稣所讲论的道理。可见，知识并不能给人带来救赎，我们需要认识圣经，但更重要的是要了解圣经所启示的神，和祂所赐予我们的救赎。
接着，耶稣讲到了摩西带领以色列人经过旷野时所发生的事情：以色列人在旷野漂流时，神曾以火蛇惩罚那些叛逆的子民，被蛇咬快要死的人，如果稍稍听从神的话，仰望高举的铜蛇，相信神会医治他们，他们就能得医治。同样，如果我们仰望耶稣，相信祂会拯救我们，我们就能得着拯救。这就是神为我们预备救我们脱离罪恶捆绑的方法。
下面第１６节经文是整本圣经里，最为大家熟悉，也最常被人传讲的。这节经文带出了神的爱，是对福音的一个伟大与动人的摘要。这里，我们首先看到“神爱世人”，甚至“舍弃”祂的“唯一而且是独生的儿子”。倘若，爱的深度是藉着它所呈献的礼物来衡量的话，那么神的爱就是无可比拟的，因为祂给人的爱的礼物，竟然是祂的挚爱，就是祂唯一的、在永恒中所爱的儿子。此外，这节经文也指出，神的爱在“范围”上包括了全人类。神爱世上所有的人，无论地位高的或地位低的，无论富人或穷人，无论黑人或白人，都是祂所爱的儿女。如果，我们再从神爱的“本质”上来看，神爱的其实是一个堕落的、是一个结合起来背叛祂的世界。因此，当神爱的光辉照耀出来时，它是如此的荣耀，因为它所涵盖的不仅是这世界广大的范围，它所针对的更是这个罪恶的世界。
当神的爱透过祂的爱子耶稣赐下给人类时，在这个世界上又会产生什么样的结果呢？就是那些凡接受耶稣基督、信祂名的人，都会得到新的、永不止息的、超自然的、神国的生命。这里的“相信”，指的不单是理智上承认耶稣是神，而且更是要信靠祂，承认唯有祂才可以拯救我们，让基督来掌管我们的一生。相反，人若是不信或是拒绝耶稣，那结局也是难以形容的严重，16节用了“灭亡”这个词。在接下来的几节经文里，约翰使用了“光明”和“黑暗”的鲜明对比，来解释那些找到生命与那些灭亡之人之间的分别。光，也就是基督，来到世间。但人却不喜欢这光，因为光把他们的恶行显露了出来。面对耶稣这个真光，人并不喜欢祂。人反而喜欢黑暗，也就是邪恶。这样，人就已经定自己的罪了。这里，神给了人两种选择：第一、相信祂。这些人便会得到救恩，行在光明中。这样的人愿意敞开他们的生命“来就光”，让神来检视他们的生命。虽然，对人来说这样做是痛苦的，但却是得着救恩所必经的一步。第二、是敌对神。那些敌对神的人仍活在黑暗中，最终是灭亡。不是神要定人的罪，而是人自己的抉择定了自己的罪。第21节中的“行真理”意思就是认罪悔改，并且打开心门来接受基督，这样的人便是重生的人。